Il Morro de São Paulo è un ambiente naturale molto ricco, e considerando l'età della sua colonizzazione, è conservato molto bene. Una buona parte dell' isola è ancora ricoperta dalla vegetazione originale, sia il bosco, le mangrovie o restinga. Dall 1992 le isole di Tinharé e Boipeba sono state dichiarate "area protetta".
La parte dell' isola che è cambiata, sono le piccole aree urbanizzate, e le piantagioni di cocco,che originariamente erano foreste. La prima attività commerciale legata all'isola era l'estrazione dagl'alberi del "pau-brasil"che da il nome al paese. Dopo, la costa fu occupata dalle palme da cocco, che i portoghesi portarono dall'India.
Il bosco, la Mata Atlântica, esiste ancora, è caratterizata per la sua grande bio-diversità. Sono inumerevoli le specie vegetali, non soltanto alberi, ma anche "trepadeiras", "bromélias", orchidee, palme ed "arbustos". Cè anche una grande diversità di insetti e funghi, e un considerevole numero di uccelli, rettili, anfibi ed alcuni mammiferi di piccola grandezza. Oggi questa foresta ha un grande numero di sentieri, che una volta all'anno portano i raccoglitori alle pame di "piaçaba", per estrarre la fibra da questa pianta.
Le mangrovie, in contrasto con la "Mata Atlântica", hanno una diversità vegetale infima: in tutto il pianeta ci sono soltanto due specie che vivono qui che sono la mangrovia-nera la mangrovia-di-bottone. Nelle Mangrovie ci sono grandi quantità di organismi, ed è molto ricco di fauna, di crostaci, con diverse specie di granchi, di moluschi, come le "lambretas" e le ostriche, e molti pesci. Gran parte dei pesci consumati dagli uomini passano i periodi iniziali della loro vita protteti nelle mangrovie, nascosti dai predatori del mare aperto.
Cè un'altro ambiente, che ha prima vista sembra povero, però in realtà protegge un gran numero di specie, sia animale che vegetale, che è la "Restinga". La fisionomia di quest'ambiente varia molto, dalla vegetazione bassa, fino ad "arbustos", "banhados" e foreste di piccola grandezza. Ci sono innumerevoli specie di bromelie, che si caratterizzano con l'influenza marina diretta.
Le palme da cocco, nonostante originalmente non erano presenti, oggi, c'è nè sono in abbondanza, si sono integrate bene all'ambiente naturale. È il posto più facile per ammirare i granchi "guaiamuns", le scimmiette e diversi uccelli.