La storia del Morro di São Paulo è tanto antica e tanto ricca di dettaglii che si confondono con la propria storia del Brasile.
Originalmente, come tutta la costa del Brasile, è stata abitata dagl'indios, qui vivevano i Aimorès.
Nel 1501, un anno dopo che l'equipaggio di Pedro Álvares Cabral arriva in Porto Seguro, Gaspar de Lemos arriva a Baía di Tutte i Santi e naviga la buona parte della costa bahiana. Però il primo europeo a sbarcare qui è stato Martin Afonso de Souza, nel 1531, comandando una spedizione destinata ad esplorare tutta la costa del nuovo continente.
Quando hanno diviso il Brasile in Capitanerie Ereditiere, è stato incaricato Figueiro Correa a tenere conto della capitaneria di Ilhéus, che si estendeva fino a qui. Lui preferì restare nella corte, in portogallo.Così, chi realmente ha battezzato il posto, è stato lo spagnolo Francisco Romero, che ha fondato il villaggio del Morro de São Paulo nel 1535. Restarono qua 30 cristiani, per coltivare il cotone e esplorare il "pau-brasil". Nasce così il primo villaggio della Capitania di Ilhéus.
Nello stesso anno, sono stati fondati i villaggi di Boipeba e Cairu, in quest'ultimo sono stati costruiti un organo ed una cappella che più tardi si trasformerà nel Convento Francescano di Sant' Antonio, nel 1654.
Nel 1549 arriva a Bahia il governatore generale Tomé de Souza, con l'obbiettivo di migliorare la difesa della regione, ancora desiderata dai francesi.
Ormai nel 1557, nella Ponta do Curral, era iniziata l'importazione di bestiame a Bahia, e stava nascendo il villaggio di Amparo, oggi Valença. Intanto l'amministrazione di Sebastião Pontes finisce bruscamente nel 1574, ed il territorio è riconquistato dagli indio Aimores, che nel 1597 han fatto si che i portoghesi rimanessero in esilio nell'isola.
Nel 1580, il re Felipe II di Spagna divenne erede della corona portoghesa, all'inizio di un periodo di attacchi frequenti da parte degli inglesi e olandesi sulle coste brasiliane.
Nel 1610 la famiglia Saraiva Goes inizia la costruzione della chiesa di Nossa Senhora da Luz, all'epoca su l'altura della collina dove oggi c'è il Faro.
Nel 1635 i gesuiti fondano la residenza di São Francisco Xavier, nel alto del monte di Galeão.
Tra il 1627 e 1630 gli olandesi attacarono di continuo la costa fino ad ottenere Olinda e Recife dove rimarranno molto tempo. Una leggenda narra che al momento di concquistare il Morro de São Paulo, dalle navi ebbero una visione della Nossa Senhora da Luz, finendo così per desistere all'attacco.
Successivamente inizia la costruzione della fortificazione che durò più di100 anni prima di essere pronta, iniziando a funzionare nel 1652 e la prima torretta fissata nel 1664.
In questo periodo c`erano le operazioni ufficiali al porto, con le navi che venivano dall'Africa e dall'Europa, piene di clandestini e pirati, che facevano contrabando di merci.
I lavori del Forte sono continuati fino al 1739, con varie tappe di ampliazione, e nel 1750 avevano gia 51 pezzi di artiglieria sparsa in 700 metri di muraglia, munita di 183 uomini. Però nel 1774 buona parte della fortificazione è stata distrutta da una tempesta e successivamente è stata ricostruita, ma la sua utilità è rimasta dubbia.
Nel 1746 iniziarono la costruzione della Fonte Grande, destinata al fabbisogno di acqua dalla popolazione del villaggio.
Nel 1763 il Marchese de Pombal cambia la sede del governo coloniale a Rio de Janeiro e caccia via i gesuiti, facendo entrare in colasso il sistema di educazione.
Segue un periodo al quale succedono cose rilevanti in funzione della situazione di abbandono in cui si trovava la regione.
Tra il 1794 ed il 1798 scoppia la "Conjuração dos Alfaiates"o Inconfidência Bahiana", il tentativo frustante di instaurare una repubblica.Tra i principali risultati l'eguaglianza dei diritti senza distinzione di razza, un grande passo avanti per l'epoca, dove la minoranza europea dominava la maggioranza nera e mulatta della popolazione. Successivamente aprirono anche il porto di Bahia per il commercio mondiale, il che è accaduto nel 1808 per un decreto legge portoghese, richiesto dall'Inglilterra per aprire tutti i porti brasiliani.
Le guerre napoleoniche hanno fatto si che la corte portoghesa si esilasse in Brasile, però la fissazione per Rio de Janeiro causò malcontento in Bahia ed in tutto il nord-est che entrò in un'èra di decadenza, il risultato è che D. Pedro proclamò l'indipendenza del Brasile, nel 1822, temendo che qualcunaltro lo facesse prima di lui, diventando il primo Imperatore dello stesso.
Nel 1823 Lord Thomas Cochrane stabilisce il primo esercito brasiliano, lottando per l'indipendenza che si concretizzò effetivamente con l'espulsione dei portoghesi da Salvador, nel 2 di giugno. In queste lotte gran parte dell'arsenale del Morro è stato trasferito nelle capitale.
Il regno di D. Pedro I ha avuto molta difficoltà con la "Confederação do Equador", che è stato un tentativo di indipendenza di alcuni stati nordestini, con molte guerre simili in tutto il paese.Cosi, D. Pedro I ha rinunciato al trono nel 1831, nel momento in cui suo figlio aveva solamente 5 anni. Nel governo di reggenza che si espanse fino alle maggiore età di D. Pedro II succederono ugualmente innumerevoli ribellioni, fino al 1840 quando il parlamento decretò la maggiore età a soli 15 anni.
Nel 1844 è stata costruita in Valença una fabbrica di tessuti da João Monteiro Carson, incaricato anche di costruire un Faro nel Morro de São Paulo, opera che si è estesa dal 1850 al 1855.
Nel 1859 D. Pedro II visita Salvador e subito dopo Valença e Morro de São Paulo. A Valença, nell'epoca, esisteva la maggiore fabbrica tessile del Brasile, usando mano d'opera libera e stipendiata in un periodo dove lavoravano solamente gli schiavi.
Con la proclamazione della Repubblica nel 1889, a Rio de Janeiro, Bahia si è divisa tra gli ubbidienti dell'imperatore ed i repubblicani, dove riusciranno a proclamare una repubblica indipendente un giorno dopo il 16 di novembre. Segue un periodo di conflitti politici, ragionevolmente stabilizzati con la costituizione del 1890.
L'economia brasiliana nella prima decade della Repubblica era basata esclusivamente sul caffè, e successivamente iniziò a cambiare a partire del 1930, col governo di Getúlio Vargas. Il governo Vargas si espanse in maniera dittatoriale durante la II Guerra Mondiale, quando la situazione era diventata ambigua di fronte ai conflitti internazionali, avendo già relazioni con gli Stati Uniti ed altre democrazie, ma il suo governo era simile a quello di Germania e Italia. Il Brasile si era deciso ufficialmente da quale parte stare nella guerra del 1942, quando dei sottomarini tedeschi colpìrono una nave mercantile brasiliana sulla costa di Valença. Vargas rinunciò al governo nel 1945 a causa di un colpo militare, però fù rieletto presidente nel 1954. Nel suo governo è stato costruito la base industriale per lo sviluppo del Brasile e anche per le leggi lavorative. In questa epoca gli abitanti di Salvador iniziarono a costruire per il turismo nell'arcipelago di Tinharé.
Nelle decade della Guerra Fredda , il Brasile ogni volta era più dipendente dalle potenze capitaliste, in special modo dagli Stati uniti. Il suo debito è cresciuto incommensurabilmente, molti diritti sono stati revocati e l'economia decadde. In governo della dittatura militare imponeva nel 1964, agli hippies di far visitare al Morro de São Paulo, facendo si che l'isola poco a poco divenne conosciuta internazionalmente già all'inizio del 1970.
Nel 1992 a Rio de Janeiro inizia la Coferenza delle Nazioni Unite sul'Ambiente ECO-92, che ha avuto riflesso sull'arcipelago con un decreto di Area Protetta Ambientale delle isole di Tinharé e Boipeba.
L'isola al di fuori di giravolte politiche ed economiche del paese dell'ultime decadi , inizia a ricevere turisti da tutto il mondo, portando con se i ricordi di un paradiso, che nonostante sia stato il centro di molti fattori storici, resiste coraggiosamente con le sue bellezze naturali ed il ritmo tranquillo della vita.