Morro de São Paulo está situado en el extremo norte de la isla de Tinharé, isla que incluye, junto con Boipeba y Cairú, otras 23 islas pequeñas en el Archipiélago de Tinharé. El archipiélago se encuentra a 60 kilómetros al sur de Salvador, cerca de la ciudad de Valença.
El Archipiélago de Tinharé es también el único municipio-archipiélago de Brasil, la municipalidad de Cairú, con sede en la isla del mismo nombre.
Las islas están separadas entre si y del continente por grandes canales de manglares, lo que dificulta el acceso a tal punto que todavia hoy existen muchos lugares inhabitados y raramente visitados, ya que la navegación depende de las mareas y los accesos por tierra son casi imposibles.
La región mas accesible del archipiélago es la costa este, donde están las playas. El agua es mas profunda, y en casi toda su totalidad, las playas están protegidas por arrecifes, pudiéndose llegar a la playa apenas en algunos puntos específicos. El canal al norte de la isla de Tinharé también es profundo, además de tener bancos de arena, y es por ahí que se llega a Ponta do Curral y a la ciudad de Valença, ambos en el continente.
Los demás canales son rasos y traicioneros. Apenas quien conoce bien la región, navega por él, todavia asi, no con calquier marea.
El archipíélago tiene cerca de 451 kilómetros cuadrados, siendo Tinharé la mayor isla, con 54% de esta área. Boipeba y Cairu tienen un área semejante, cerca de 20% del archiíélago cada una. Las otras 23 islas suman menos del 7% del área total.
Las mayores elevaciones están situadas al norte de la isla de Tinharé, donde hay un faro, y al noroeste, la localidad de Galeão. El resto de la isla es prácticamente plana y tiene pocos metros encima del nivel del mar. Las islas de Boipeba y Cairú son mas onduladas, y sus elevaciones no sobrepasan los 80 metros.
Casi no hay rutas, apenas caminos que son recorridos a pie, a caballo, y cuando las condiciones lo permiten, con tractor. El transporte de mercaderias se realiza prácticamente en barcos de madera, los saveiros.
Los poblados están todos a lo largo del mar y de los canales navegables.La isla de Tinharé esta compuesta por : Morro de São Paulo, Gamboa, Galeão, Zimbo, Garapuá y Canavieira. La isla de Boipeba esta compuesta por : Velha Boipeba, Moreré, Monte Alegre y São Sebastião o Cova da Onça. Cairú, además de tener la sede del municipio, tiene un poblado de Torrinhas. El archipiélago tiene un total de 11.410 habitantes, siendo las islas de tamaños diferentes, la población está dividida más o menos en igual número de las tres islas habitadas.
Básicamente los poblados dependen de actividades relacionadas al mar, principalmente la pesca, y recientemente al turismo. La populación es una mezcla de negros y europeos, principalmente portugueses, y además de holandeses e índios.
El pueblo es generalmente muy tranquilo y amistoso. Muy humilde, y bastante predispuesto a recibir a los visitantes.
Gran parte de las islas eran originalmente cubiertas de Mata Atlántica, por eso hoy, continúa ocupada por inmensos cocoteros , además de existir considerables áreas de mata virgen. También tiene grandes áreas de restinga (lo que significa un tipo de eco-sistema muy importante en brasil porque es una manera natural de proteccion de la costa Nordeste), pero el ecosistema mas importante del archipiélago son los manglares, que es la gran cuna de la vida marina y sirve de fuente y sustento para la mayor parte de la población.
Desde 1992 las islas de Tinharé y Boipeba forman una área de preservación ambiental. De todas maneras, persisten algunos problemas, como el destino de la basura, aunque otros adelantos hayan sido alcanzados, como el tratamiento del desague. Algunas ONGs están hoy empeñadas en implantar alternativas mas lucrativas y al mismo tiempo ecológicamente correctas a la población local. Claro que el futuro del archipiélago depende de todos los habitantes, empresarios, poder público y turistas.